El proyecto socioeducativo de la Fundación Ilundáin se articula en tres grandes áreas: programas formativos, residencias y medioambiente. Se trata de un modelo que se caracteriza por su concepción global, basada en el respeto a la persona, el diseño personal del programa de formación y la organización bien estructurada del proceso educativo.
Ofrece una respuesta integral a la problemática de estos jóvenes. Para ello, se abarcan diferentes áreas: personal, familiar, social, sanitaria, escolar, laboral y cultural.
Además, en los últimos años se ha realizado una importante tarea de innovación e investigación, proceso del que han surgido el departamento de I+D+i y el Centro de Innovación Ilundáin.